BioMCP：生物医学模型上下文协议

BioMCP 是一个开源（MIT 许可证）工具包，用于生物医学研究 AI 助手和代理。它遵循模型上下文协议 (MCP) 构建，支持搜索和检索临床试验、PubMed 文章和基因组变异。

工具

• PubTator3 (PubMed/PMC)
  • 文章搜索
  • 全文
• ClinicalTrials.gov
  • 临床试验高级搜索
  • 方案
  • 结果
  • 地点
  • 参考
• MyVariant.info
  • 变异搜索
  • 注释 (CIViC, ClinVar, COSMIC, dbSNP 等)

安装

快速开始选项

对于 Claude Desktop 用户

为 Claude Desktop 安装 BioMCP 的最简单方法是通过 Smithery:

npx -y @smithery/cli install @genomoncology/biomcp --client claude

这会自动配置 BioMCP MCP 服务器以与 Claude Desktop 一起使用。

对于 Python/CLI 用户

使用 pip 或 uv 安装 BioMCP 包：

pip install biomcp-python

或者最好使用 uv 以获得更快的安装速度：

uv pip install biomcp-python

您也可以直接运行 BioMCP 命令，无需安装：

uvx --from biomcp-python biomcp trial search --condition "lung cancer" --intervention "pembro"

高级安装

手动 Claude Desktop 集成

要手动将 BioMCP 配置为 Claude Desktop 的 MCP 服务器：

1. 打开 Claude Desktop 设置
2. 导航到 MCP 服务器配置部分
3. 添加以下配置：

{
  "globalShortcut": "",
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--from", "biomcp-python", "biomcp", "run"]
    }
  }
}

注意： 如果您收到 SPAWN ENOENT 警告，请确保您的 uv 可执行文件位于您的 PATH 中，或者提供它的完整路径（例如 /Users/name/.local/bin/uv）。

验证

要验证您的 BioMCP MCP 服务器安装，请使用 MCP Inspector：服务器，使用 MCP Inspector，运行以下命令：

npx @modelcontextprotocol/inspector uv run biomcp run

命令行界面

BioMCP 提供了一个全面的 CLI，用于与生物医学数据库直接交互：

# 获取帮助
biomcp --help

# 运行 MCP 服务器
biomcp run

# 搜索文章
biomcp article search --gene BRAF --disease Melanoma

# 通过 PMID 获取文章详细信息
biomcp article get 21717063 --full

# 搜索临床试验
biomcp trial search --condition "Lung Cancer" --phase Phase_3

# 通过 NCT ID 获取试验详细信息
biomcp trial get NCT04280705 Protocol

# 搜索变异
biomcp variant search --gene BRAF --significance Pathogenic

# 获取变异详细信息
biomcp variant get rs113488022

商业版本：OncoMCP

OncoMCP 使用 GenomOncology 的企业级精准肿瘤学平台 (POP) 扩展了 BioMCP，为医疗保健组织提供：

• 具有完全 HIPAA 合规性的本地部署
• 实时临床试验招募状态和组别匹配
• 无缝 EHR 和临床数据仓库集成
• 包含 15,000 多个临床试验和 FDA 批准的精选知识库
• 使用集成的临床和分子谱进行患者-试验匹配
• 用于结构化数据提取和规范化的高级 NLP
• 全面的生物标志物和突变规则处理

访问以下网址，了解有关 GenomOncology 和 OncoMCP 的更多信息： GenomOncology.

许可证

本项目采用 MIT 许可证。

来源

BioMCP 集成了来自多个权威生物医学数据库的数据，每个数据库都有自己的服务条款和数据使用政策。用户在使用 BioMCP 进行各种应用时应注意这些政策。

PubTator3 / PubMed

• 提供者：美国国家生物技术信息中心 (NCBI)，美国国家医学图书馆 (NLM)
• 内容：PubMed 和 PubMed Central 中索引的生物医学文献
• 服务条款：NCBI/NLM 条款和条件
• 访问限制：标准访问限制为每秒特定数量的请求。使用 API 密钥可以获得更高的吞吐量。
• 引用要求：使用 PubMed 数据的出版物应引用相应的 NCBI/NLM 资源。
• 底层来源：来自数千种生物医学期刊和存储库的文章。

ClinicalTrials.gov

• 提供者：美国国家医学图书馆 (NLM)
• 内容：临床试验注册表和结果数据库
• 服务条款：ClinicalTrials.gov 条款和条件
• 数据使用：数据可免费用于研究和学术目的。商业用途可能有其他限制。
• API 访问：ClinicalTrials.gov API
• 引用要求：任何使用 ClinicalTrials.gov 数据的出版物都应正确注明来源。

MyVariant.info

• 提供者：斯克里普斯研究所的 Su 实验室
• 内容：从多个数据库编译的综合遗传变异注释
• 服务条款：MyVariant.info 服务条款
• 注释来源：注释来源的完整列表
• 署名：用户应在出版物中正确署名 MyVariant.info 和原始注释来源。
• 主要数据来源包括：
  • ClinVar：遗传变异的临床解释
  • COSMIC：癌症体细胞突变目录
  • dbSNP：单核苷酸多态性数据库
  • CIViC：癌症变异的临床解释
  • gnomAD：基因组聚合数据库
  • CADD：组合注释依赖性耗竭评分

重要使用说明

使用 BioMCP 时，请注意：

1. 署名要求：使用通过 BioMCP 获得的数据的出版物或应用程序应适当引用 BioMCP 和原始数据来源。
2. 数据时效性：由于更新频率的原因，检索到的信息可能不代表原始来源提供的最新数据。
3. 使用限制：虽然 BioMCP 提供了对这些资源的访问，但用户必须遵守每个数据来源的单独服务条款，特别是对于商业应用程序。
4. 受保护的健康信息：BioMCP 不处理或提供对受保护的健康信息 (PHI) 或个人身份信息 (PII) 的访问。

有关特定数据来源或使用政策的更多信息，请参阅每个来源数据库提供的文档。