fhir-mcp-server-medagentbench

一个基于 Python 的 MCP (MedAgentBench Communications Protocol) 服务器，专为 MedAgentBench 环境设计。该服务器模拟与 FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) API 的交互。

它不会向 FHIR 服务器发出实际的 HTTP 请求，而是拦截针对 FHIR 操作的 MCP 请求，并返回将会发出的 HTTP 请求的文本表示形式（例如，GET https://fhir.example.com/Patient/123 或 POST https://fhir.example.com/Observation\n{...}）。这允许在不需要实时 FHIR 端点的情况下测试 MedAgentBench 代理。

特性

• 实现 MCP 处理程序：
  • list_resources: 列出可用的模拟资源（目前为 CapabilityStatement）。
  • read_resource: 模拟通过 URI 读取 FHIR 资源。
  • list_tools: 列出可用的 FHIR 模拟工具。
  • call_tool: 模拟执行 FHIR 操作：
    • search_fhir: 模拟搜索 FHIR 资源。
    • read_fhir: 模拟通过 URI 读取特定的 FHIR 资源。
    • create_fhir_resource: 模拟创建新的 FHIR 资源。
• 使用 mcp-server 库进行 MCP 通信。
• 使用 Poetry 进行配置和打包。
• 包含使用 pytest 和 pytest-asyncio 的异步单元测试。

安装

确保您已安装 Python >= 3.10 和 Poetry。

poetry install

配置

在运行服务器之前，您必须设置 FHIR_BASE_URL 环境变量。此 URL 用于构造模拟的请求字符串。

export FHIR_BASE_URL="https://your-fhir-server-base.com/fhir"
# 或者用于本地测试：
# export FHIR_BASE_URL="http://localhost:8080/fhir"

用法

配置完成后，使用已安装的脚本运行服务器：

fhir-mcp-server-medagentbench

服务器将开始监听标准输入/输出上的 MCP 请求。

开发

设置

克隆存储库并安装依赖项，包括开发工具：

git clone https://github.com/MikeHolcomb/mcp-fhir-python-medagentbench.git
cd mcp-fhir-python-medagentbench
poetry install --with dev

代码检查和格式化

本项目使用 pre-commit 来强制执行代码风格 (black, isort) 并检查问题 (flake8, mypy)。

# 对暂存文件运行所有检查（通常在提交时自动运行）
poetry run pre-commit run

# 对所有文件运行所有检查
poetry run pre-commit run --all-files

# 或者单独运行工具
poetry run black .
poetry run isort .
poetry run flake8 src tests
poetry run mypy src

测试

测试位于 tests/ 目录中，并使用 pytest。

poetry run pytest

# 运行并生成覆盖率报告
poetry run pytest --cov=src

由于 MCP 处理程序的异步性质，测试需要 pytest-asyncio。

许可证

本项目根据 MIT 许可证授权 - 有关详细信息，请参阅 LICENSE 文件（如果不存在 LICENSE 文件，则可能需要创建）。

贡献

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