MCP 服务器

metacode-sci

Provides read-only, offline MCP tools to find papers' own code, method chains, and evidence boundaries from a curated knowledge bundle, without executing candidate code or contacting the network.

README

Meta-CodeGraph 是一个本地只读的“文献—代码”知识图谱。你可以直接询问一篇论文或一种方法，获得论文自有代码的公开位置，并看到这条结果当前可以确认到什么程度。

它把两个容易混淆的问题分开回答：代码在哪里，以及它是否真的属于这篇论文。Seurat、Scanpy 等第三方工具不会被误算成论文自己的代码。

下面是 v0.1.0rc4 数据包的真实结果：

{
  "query": "POSST macrophage",
  "title": "Macrophage-rich niches regulate T cell dynamics at the liver invasive margin during gallbladder cancer progression.",
  "code_location_url": "https://github.com/zaozaozaonan/POSST",
  "location_kind": "GIT_REPOSITORY",
  "coverage_tier": "T1",
  "navigation_depth": "RELATION_ONLY"
}

这条结果已经确认论文自己的公开代码位置，但目前只提供关系级导航，不会假装已经定位到具体 Figure 或 Methods。

当前版本尚未发布到 PyPI。请从 GitHub Release v0.1.0rc4 下载：

metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl
metacode-data-0.1.0rc4.zip
SHA256SUMS.txt

Windows PowerShell：

Get-FileHash .\metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl -Algorithm SHA256
Get-FileHash .\metacode-data-0.1.0rc4.zip -Algorithm SHA256

Expand-Archive .\metacode-data-0.1.0rc4.zip -DestinationPath .
$env:METACODE_DATA_ROOT = (Resolve-Path .\metacode-data-0.1.0rc4).Path

python -m pip install .\metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl
metacode-doctor

METACODE_DATA_ROOT 必须指向包含 BUNDLE_MANIFEST.json 和 content_packet_v1_1_1/ 的数据包根目录。

<details> <summary>macOS / Linux</summary>

sha256sum -c SHA256SUMS.txt --ignore-missing
unzip metacode-data-0.1.0rc4.zip
export METACODE_DATA_ROOT="$PWD/metacode-data-0.1.0rc4"

python -m pip install ./metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl
metacode-doctor

</details>

把 MCP 注册到 Codex、Claude Code 或其他 MCP host：

{
  "mcpServers": {
    "metacode": {
      "command": "metacode-mcp",
      "env": {
        "METACODE_DATA_ROOT": "/absolute/path/to/metacode-data-0.1.0rc4"
      }
    }
  }
}

详细接入说明：Codex · Claude Code · MCP 配置

MCP 工具	适合的问题
`find_code`	这篇论文自己的公开代码在哪里？
`search_analysis_routes`	哪些论文和代码与这个科研问题有关？
`open_research_case`	打开指定论文或研究案例
`trace_evidence`	这条论文—代码关系有什么证据？
`knowledge_status`	当前数据版本覆盖了什么？

可以直接问：

ovrlpy 这篇论文自己的代码在哪里？
POSST macrophage
项目现在一共有多少代码仓库？请按证据口径拆开。

层级	用户看到的含义	默认返回
`T0`	高置信的论文自有代码	是
`T1`	已确认论文自有公开位置	是
`CLAIM_ONLY`	论文提到代码，但没有公开地址	否
`T2`	第三方工具、存档或 benchmark	否
`T3`	论文或代码身份尚未确认	仅精确查询时