mnova-mcp

一个面向 MestReNova 15 的本地 STDIO MCP 服务，附带可直接安装的 Codex NMR Skill。它可以处理一维 NMR、导入 ChemDraw 结构、运行 Mnova Verify、将审核过的原子—多重峰指认写回 Mnova，并生成带来源记录的仿真一维 NMR FID。

本项目不包含 MestReNova 本体或许可证。Mnova Verify 功能取决于本地安装与授权。

主要功能

• 检查本地 MestReNova 及 MCP 桥接状态。
• 处理 Bruker、Varian/Agilent 或 Mnova 可读的一维 NMR 数据。
• 导入 .cdx / .cdxml 等机器可读结构，建立可审计的两阶段指认流程。
• 在结构上使用小写字母编号，并把对应字母水平放在目标峰正上方。
• 重叠指认使用 k,l 格式；同一原子的非等价氢可使用 a,d 格式。
• 默认拒绝低置信度写回，并保留未解决信号的审计记录。
• 生成可复现、明确标记为 synthetic 的复数 FID 和 Varian/Agilent .fid 数据集。

仓库结构

mnova-mcp/
├─ mnova/bridge.qs                  # Mnova 15 桥接脚本
├─ src/mnova_mcp/                  # Python MCP 服务
├─ tests/                          # 单元测试和 STDIO 探针
├─ examples/cases/                 # 实测数据、结构和可审计产出
└─ skill/nmr-analyze-simulate/     # 可安装的 Codex Skill

环境要求

• Windows 10/11
• MestReNova 15.x
• Python 3.11 或 3.12
• uv
• 如需 Verify：本地可用的 Mnova Verify/ASV 许可

快速开始

git clone https://github.com/cyx1874cyx/mnova-mcp.git
cd mnova-mcp
uv sync --extra dev
uv run pytest
uv run mnova-mcp

MCP 默认通过 STDIO 运行。可用下面的探针检查握手和工具调用：

uv run python tests/stdio_probe.py

环境变量

变量	用途
MNOVA_EXE	MestReNova.exe 路径；未设置时会检测常见安装位置
MNOVA_MCP_WORKSPACE	允许 MCP 读写的项目根目录
MNOVA_MCP_OUTPUT_ROOT	任务输出根目录
MNOVA_MCP_RUNTIME_ROOT	传递给 Mnova 的 ASCII 临时桥接目录
MNOVA_MCP_BRIDGE_SCRIPT	自定义 bridge.qs 路径
MNOVA_MCP_TIMEOUT_SEC	Mnova 任务超时秒数，默认 300

MCP 工具

• mnova_status
• mnova_process_1d
• mnova_prepare_structure_1d
• mnova_apply_assignments_1d

结构指认采用两阶段流程：

1. mnova_prepare_structure_1d 读取实测 NMR 和 ChemDraw 结构，输出原子索引、氢位点、multiplet UUID、Verify 信息和 prepared.mnova。
2. 调用方审核 analysis.json，构建 assignment-plan JSON，再调用 mnova_apply_assignments_1d 生成新的 assigned.mnova。

每个要写回的指认都需要独立的小写字母 label：

{
  "schema_version": "1.1",
  "assignments": [
    {
      "label": "a",
      "atom_index": 4,
      "h_index": 1,
      "multiplet_uuid": "{uuid-from-analysis}",
      "ppm": 3.651,
      "range_min_ppm": 3.620,
      "range_max_ppm": 3.681,
      "confidence": "high",
      "evidence": "2H integral, expected OCH2 shift, and consistent splitting"
    }
  ],
  "unresolved": []
}

安装 Codex Skill

将 skill/nmr-analyze-simulate 复制到你的 $CODEX_HOME/skills/ 目录，然后重新加载 Codex。Skill 中的解读、Mnova 指认和仿真规则位于：

• skill/nmr-analyze-simulate/SKILL.md
• skill/nmr-analyze-simulate/references/
• skill/nmr-analyze-simulate/scripts/

实测案例

• DEGMA / CDCl3 / 400 MHz 1H NMR：包含未修改的 Varian/Agilent FID 压缩包、目标结构、独立处理结果、Mnova 两阶段指认文档、最终标峰 PDF、归属表和 Verify 记录。

安全与科学边界

• 原始数据、ChemDraw 结构和已准备 Mnova 文档不会被覆盖。
• 每次运行写入新输出目录。
• 自动拾峰、自动积分和 Verify 分数只是决策支持，不是结构身份的独立证明。
• 仿真输出始终保留 synthetic: true、模型哈希、参数和随机种子。
• 当一维证据不唯一时，应保留 unresolved，并优先建议 COSY、HSQC 或 HMBC。

开发

uv sync --extra dev
uv run pytest
uv run python tests/stdio_probe.py

License

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