nf-core MCP 服务器

用于管理和浏览 nf-core 流程仓库的 MCP 服务器。

功能

• 列出本地 nf-core 仓库 (rnaseq, sarek, modules, tools)
• 访问流程配置和工作流程
• 搜索流程文件
• 浏览流程模块

安装

NPM 版本

cd nf-core_mcp
npm install

# 构建 TypeScript
npm run build

# 启动服务器
npm start

Docker 版本

# 构建 Docker 镜像
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# 运行容器
docker run -i --rm \
  -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
  nf-core-mcp

添加 nf-core 仓库

要向工作区添加新的 nf-core 流程仓库：

1. 克隆仓库:

   # 导航到您的工作区目录 (Windows 示例)
   cd /path/to/your/workspace
   
   # 克隆所需的 nf-core 仓库
   git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
   git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
   git clone https://github.com/nf-core/modules.git
   # 添加您想要管理的任何其他 nf-core 流程
   

2. 目录结构: 您的工作区应该如下所示：

   workspace/
   ├── rnaseq/
   ├── sarek/
   ├── modules/
   └── your-new-pipeline/
   

3. 验证安装: 启动 MCP 服务器后，使用 list-pipelines 命令验证是否检测到您的新流程：

   list-pipelines
   

注意：MCP 服务器将自动检测和管理您工作区目录中的任何 nf-core 流程仓库。

可用工具

1. list-pipelines

   • 列出工作区中的所有 nf-core 流程
   • 显示配置文件状态
   • 无需参数

2. get-pipeline-modules

   • 从流程中获取模块信息
   • 参数：
     • pipeline: 流程名称 (rnaseq, sarek, 或 modules)

3. search-pipelines

   • 搜索流程文件
   • 参数：
     • query: 搜索查询
     • pipeline (可选): 要搜索的特定流程

可用资源

1. pipeline-config

   • 获取流程配置
   • URI 格式: pipeline://{name}/config
   • 参数：
     • name: 流程名称 (rnaseq, sarek, 或 modules)

2. pipeline-workflow

   • 获取流程工作流程
   • URI 格式: pipeline://{name}/workflow
   • 参数：
     • name: 流程名称 (rnaseq, sarek, 或 modules)

与 Cursor IDE 一起使用

使用 NPX (推荐)

将以下内容添加到您的 mcp.json：

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "nf-core-mcp"]
    }
  }
}

使用 Docker

将以下内容添加到您的 mcp.json：

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "-v",
        "/path/to/your/workspace:/app/workspace",
        "nf-core-mcp"
      ]
    }
  }
}

使用示例

在 Cursor 中使用 MCP 服务器：

# 列出可用流程
list-pipelines

# 从 rnaseq 流程获取模块
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq

# 在所有流程中搜索
search-pipelines query="fastqc"

# 在特定流程中搜索
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq

# 访问流程配置
pipeline://rnaseq/config

# 访问工作流程
pipeline://rnaseq/workflow

运行服务器

使用 NPM

# 如果全局安装
nf-core-mcp

# 如果本地安装
npx nf-core-mcp

# 使用 npx 而无需安装
npx -y nf-core-mcp

使用 Docker

docker run -it --rm \
  -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
  nf-core-mcp

开发

# 安装依赖
npm install

# 构建 TypeScript
npm run build

# 在开发模式下运行
npm run dev

# 运行测试
npm test

# 运行 linter
npm run lint

许可证

MIT