PubMed 增强搜索 MCP 服务器

一个模型内容协议 (Model Content Protocol) 服务器，提供增强的工具来搜索和检索 PubMed 数据库中的学术论文，并具有诸如 MeSH 术语查找、发表数量统计和基于 PICO 的证据搜索等附加功能。

功能

• 通过关键词搜索 PubMed，可选择期刊过滤器
• 支持按相关性或日期（最新/最旧优先）对结果进行排序
• 获取与搜索词相关的 MeSH（医学主题词）术语
• 获取多个搜索词的发表数量（用于比较流行程度）
• 检索详细的论文信息，包括摘要、DOI、作者和关键词
• 执行结构化的基于 PICO 的搜索，支持同义词和组合查询

安装

前提条件

• Python 3.6+
• pip

安装

1. 克隆此存储库：

   git clone https://github.com/leescot/pubmed-mcp-smithery
   cd pubmed-mcp-smithery
   

2. 安装依赖项：

   pip install fastmcp requests
   

用法

本地运行

启动服务器：

python pubmed_enhanced_mcp_server.py

对于具有自动重新加载功能的开发模式：

mcp dev pubmed_enhanced_mcp_server.py

添加到 Claude Desktop

编辑您的 Claude Desktop 配置文件 (CLAUDE_DIRECTORY/claude_desktop_config.json) 以添加服务器：

"pubmed-enhanced": {
    "command": "python",
    "args": [
        "/path/pubmed-mcp-smithery/pubmed_enhanced_mcp_server.py"
    ]
}

MCP 函数

服务器提供以下主要函数：

1. search_pubmed - 搜索 PubMed 中与关键词匹配的文章，可选择期刊过滤

   # 示例
   results = await search_pubmed(
       keywords=["diabetes", "insulin resistance"],
       journal="Nature Medicine",
       num_results=5,
       sort_by="date_desc"
   )
   

2. get_mesh_terms - 查找与医学概念相关的 MeSH 术语

   # 示例
   mesh_terms = await get_mesh_terms("diabetes")
   

3. get_pubmed_count - 获取多个搜索词的发表数量

   # 示例
   counts = await get_pubmed_count(["diabetes", "obesity", "hypertension"])
   

4. format_paper_details - 通过 PMID 获取有关特定论文的详细信息

   # 示例
   paper_details = await format_paper_details(["12345678", "87654321"])
   

5. pico_search - 执行结构化的 PICO（人群、干预、对照、结果）搜索，支持同义词

   # 示例
   pico_results = await pico_search(
       p_terms=["diabetes", "type 2 diabetes", "T2DM"],
       i_terms=["metformin", "glucophage"],
       c_terms=["sulfonylurea", "glipizide"],
       o_terms=["HbA1c reduction", "glycemic control"]
   )
   

PICO 搜索功能

PICO 搜索工具通过以下方式帮助研究人员进行循证文献搜索：

1. 允许每个 PICO 元素使用多个同义词
2. 使用 OR 运算符组合每个元素中的术语
3. 在元素之间执行 AND 组合（P AND I，P AND I AND C 等）
4. 返回每个组合的搜索查询和发表数量

这种方法有助于完善研究问题并确定最相关的文献。

速率限制

服务器实现了自动重试机制，并具有退避延迟，以处理 NCBI 的 E-utilities 服务可能存在的速率限制。

许可证

该项目根据 BSD 3-Clause 许可证获得许可 - 有关详细信息，请参阅 LICENSE 文件。