PyMOL-MCP：将 PyMOL 与 Claude AI 集成

PyMOL-MCP 通过模型上下文协议 (MCP) 将 PyMOL 连接到 Claude AI，使 Claude 能够直接与 PyMOL 交互并控制 PyMOL。这种强大的集成通过自然语言实现会话式结构生物学、分子可视化和分析。

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特性

• 双向通信：通过基于套接字的服务器将 Claude AI 连接到 PyMOL
• 智能命令解析：用于 PyMOL 命令的自然语言处理
• 分子可视化控制：操作表示、颜色和视图
• 结构分析：执行测量、比对和其他分析
• 代码执行：从 Claude 在 PyMOL 中运行任意 Python 代码

安装指南

前提条件

• 您的系统上已安装 PyMOL
• Claude for Desktop
• Python 3.10 或更高版本
• Git

步骤 1：安装 UV 包管理器

在 macOS 上：

brew install uv

在 Windows 上：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[您的用户名]\.local\bin;%Path%

对于其他平台，请访问 UV 安装指南。

步骤 2：克隆存储库

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

步骤 3：设置环境

创建并激活 Python 虚拟环境：

python -m venv venv

在 macOS/Linux 上：

source venv/bin/activate

在 Windows 上：

venv\Scripts\activate

步骤 4：安装依赖项

激活虚拟环境后：

pip install mcp

步骤 5：配置 Claude Desktop

1. 打开 Claude Desktop
2. 转到 Claude > Settings > Developer > Edit Config
3. 这将打开 claude_desktop_config.json 文件
4. 添加 MCP 服务器配置：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[您的 venv python 的完整路径]",
      "args": ["[pymol_mcp_server.py 的完整路径]"]
    }
  }
}

例如：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

注意： 使用您系统上的实际完整路径。在 Windows 上，使用正斜杠 (/) 代替反斜杠。

步骤 6：安装 PyMOL 插件

1. 打开 PyMOL
2. 转到 Plugin → Plugin Manager
3. 单击“Install New Plugin”选项卡
4. 选择“Choose file...”并导航到克隆的存储库
5. 选择 pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py 文件
6. 单击“Open”并按照提示安装插件

用法

启动连接

1. 在 PyMOL 中：

   • 转到 Plugin → PyMOL MCP Socket Plugin
   • 单击“Start Listening”
   • 状态应更改为“Listening on port 9876”

2. 在 Claude Desktop 中：

   • 聊天时，您应该在工具部分看到一个锤子图标
   • 单击它以访问 PyMOL 工具

示例命令

以下是一些您可以要求 Claude 执行的操作示例：

• "加载 PDB 1UBQ 并将其显示为卡通"
• "按二级结构对蛋白质着色"
• "用棍状表示突出显示活性位点残基"
• "对齐两个结构并显示它们的差异"
• "计算这两个残基之间的距离"
• "将此视图保存为高分辨率图像"

故障排除

• 连接问题：在尝试从 Claude 连接之前，请确保 PyMOL 插件正在侦听
• 命令错误：检查 PyMOL 输出窗口中是否有任何错误消息
• 插件未出现：重新启动 PyMOL 并检查插件是否已正确安装
• Claude 未连接：验证 Claude 配置文件中的路径是否正确

限制和说明

• 套接字连接要求 PyMOL 和 Claude 都在同一台机器上运行
• 一些复杂的操作可能需要分解为更简单的步骤
• 在使用实验性功能之前，请务必保存您的工作
• 加入我们的 Bio-MCP 社区来解决问题、提供反馈并改进 Bio-MCPS！https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

贡献

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许可证

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