SCMCP

一个用于scRNA-Seq分析的MCP服务器，支持自然语言！

🪩 它能做什么？

• IO模块：使用自然语言读写scRNA-Seq数据
• 预处理模块：例如过滤、质量控制、标准化、缩放、高变基因、PCA、近邻等。
• 工具模块：例如聚类、差异表达等。
• 绘图模块：例如小提琴图、热图、点图。

❓ 适用于谁？

• 任何想用自然语言进行scRNA-Seq分析的人！
• 想要为他们的应用调用scanpy函数的Agent开发者

🌐 在哪里使用？

你可以在大多数支持MCP的AI客户端、插件或Agent框架中使用scmcp：

• AI客户端，例如Cherry Studio
• 插件，例如Cline
• Agent框架，例如Agno

🎬 演示

一个演示，展示了在AI客户端Cherry Studio中使用基于scmcp的自然语言进行scRNA-Seq细胞聚类分析

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ 快速开始

安装

从PyPI安装

pip install scmcp

你可以通过运行以下命令进行测试

scmcp run

在本地运行scnapy-server

在你的MCP客户端中参考以下配置：

"mcpServers": {
  "scmcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

远程运行scnapy-server

在你的服务器上运行：

scmcp run --transport sse --port 8000

然后配置你的MCP客户端，像这样：

http://localhost:8000/sse

🤝 贡献

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