UniProt MCP 服务器

一个 MCP (模型上下文协议) 服务器，允许语言模型从 UniProt 数据库获取蛋白质信息。此服务器可以与 Claude Desktop 和其他 MCP 兼容的 AI 应用程序集成。

特性

• 搜索 UniProt: 通过名称、基因或其他标准搜索蛋白质
• 获取蛋白质详情: 检索关于蛋白质的详细信息
• 获取蛋白质序列: 获取氨基酸序列
• 获取蛋白质功能: 检索功能注释，包括 GO 术语
• 获取蛋白质结构: 查找相关的 PDB 结构

安装

1. 克隆此仓库:

   git clone https://github.com/yourusername/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

2. 创建一个虚拟环境 (可选但推荐):

   python -m venv venv
   source venv/bin/activate  # 在 Windows 上: venv\Scripts\activate
   

3. 安装依赖:

   pip install -r requirements.txt
   

使用 Claude Desktop 进行本地设置

1. 使服务器脚本可执行:

   chmod +x server.py
   

2. 配置 Claude Desktop 以使用此 MCP 服务器:

   对于 macOS/Linux:

   code ~/Library/Application\ Support/Claude/claude_desktop_config.json
   

   对于 Windows:

   code $env:AppData\Claude\claude_desktop_config.json
   

3. 添加以下配置 (更新路径以匹配您的实际文件位置):

   {
     "mcpServers": {
       "uniprot": {
         "command": "python",
         "args": [
           "/ABSOLUTE/PATH/TO/uniprot-mcp-server/server.py"
         ]
       }
     }
   }
   

4. 重启 Claude Desktop

使用示例

与 Claude Desktop 设置完成后，您可以提出如下问题:

• "查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质"
• "获取蛋白质 P05067 (淀粉样蛋白前体蛋白) 的序列"
• "TP53 蛋白的功能是什么?"
• "BRCA1 蛋白是否有已知的 3D 结构?"

开发

要直接运行服务器进行测试:

python server.py

测试工具

此项目包含两个测试工具来验证功能:

1. 服务器健康检查

验证 MCP 服务器是否正确启动且没有错误:

python server_health_check.py

2. UniProt API 测试

测试与 UniProt API 的连接，并验证所有 API 调用是否按预期工作:

python test_server.py

在使用服务器之前运行这些测试，以确保一切都已正确配置。

许可证

MIT

贡献

欢迎贡献! 请随时提交 Pull Request。

1. Fork 仓库
2. 创建您的特性分支 (git checkout -b feature/amazing-feature)
3. 提交您的更改 (git commit -m 'Add some amazing feature')
4. 推送到分支 (git push origin feature/amazing-feature)
5. 打开一个 Pull Request