Bio-Agents MCP

用于与生物数据库进行自然语言交互的微服务和客户端集合。

组件

• LLM 客户端: 具有 Web UI 和终端模式的自然语言接口
• PDB MCP 服务器: 蛋白质数据库 API 服务
• ChEMBL MCP 服务器: 化学数据库 API 服务

架构

┌─────────────┐     ┌──────────────┐
│   LLM UI    │     │  Ollama LLM  │
│  (Chainlit) │     │              │
└─────┬───────┘     └───────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│           LLM 客户端             │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴───────┐     ┌──────┴───────┐
│  PDB MCP    │     │  ChEMBL MCP  │
│   服务器    │     │    服务器    │
└─────────────┘     └──────────────┘

快速开始

1. 配置环境:

cp .env.example .env

2. 启动服务:

make build
make up

3. 启动 Web 界面:

make run-chainlit

访问 http://localhost:8000 开始查询生物数据。

开发

• 使用 make help 查看可用命令
• 每个服务都有自己的 README，其中包含详细文档
• 配置文件位于 conf/ 目录中

描述

该项目包含多个模块，这些模块使用 FastMCP 框架与各种服务和 API 交互。每个模块都旨在执行特定任务，并且可以使用 Docker Compose 单独或一起运行。该项目的主要重点是生物代理，提供与蛋白质数据库 (PDB) 等生物数据源交互的工具和服务。

模块

LLM 客户端

llm-client 模块提供了一个客户端，该客户端与语言模型 (LLM) 服务器交互以处理查询并利用可用工具。它使用 FastMCP 框架构建，并支持使用 aiohttp 进行异步操作。

有关更多详细信息，请参阅 LLM 客户端 README。

蛋白质数据库

protein_data_bank_mcp 模块提供了一个服务器，该服务器与蛋白质数据库 (PDB) API 交互，以获取结构组装描述、化学成分、DrugBank 注释、分支实体、非聚合物实体、聚合物实体、UniProt 注释、结构、PubMed 注释、PDB 聚类数据聚合、聚合组来源、PDB 聚类数据聚合方法和成对聚合物界面描述。它使用 FastMCP 框架构建，并支持使用 aiohttp 进行异步操作。

有关更多详细信息，请参阅 蛋白质数据库 README。

Docker

为每个模块提供 Dockerfile 以构建 Docker 镜像。

• 构建 Docker 镜像:

  docker build -t <module-name> .
  

• 运行 Docker 容器:

  docker run --env-file .env <module-name>
  

Docker Compose

提供了一个 docker-compose.yml 文件来一起运行所有服务。

• 启动所有服务:

  docker-compose up -d
  

• 停止所有服务:

  docker-compose down
  

Makefile

提供了一个 Makefile 来简化常见任务。

• 可用目标:
  • setup-env: 设置初始环境。
  • build: 构建所有 Docker 镜像。
  • up: 使用 docker-compose 启动所有服务。
  • down: 使用 docker-compose 停止所有服务。
  • restart: 使用 docker-compose 重启所有服务。