BioMCP

BioMCP

一个模型上下文协议服务器，通过整合蛋白质结构分析能力来增强语言模型，从而能够通过已建立的蛋白质数据库进行详细的活性位点分析和疾病相关蛋白质搜索。

研究与数据
健康与保健
教育和学习工具
访问服务器

Tools

analyze-active-site

Analyze the active site of a protein structure

search-disease-proteins

Search for proteins related to a disease

README

BioMCP：赋能基于 Agent 的生物医学研发

smithery badge BioMCP

概述

BioMCP 是一个模型上下文协议 (MCP) 服务器，旨在增强大型语言模型在蛋白质结构分析方面的能力。它通过与已建立的蛋白质数据库交互，提供分析蛋白质活性位点和搜索与疾病相关的蛋白质的工具。

未来的工作将集中在使 Agent 能够利用 BioMCP。

特性

  • 活性位点分析：使用 PDB ID 检查蛋白质的结合位点和功能残基
  • 疾病-蛋白质搜索：查找与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质结构
  • 集成数据访问：与 RCSB 蛋白质数据库 (PDB) 无缝连接

技术细节

BioMCP 实现了模型上下文协议，允许语言模型访问专门的蛋白质结构知识，而无需将此信息作为其训练数据的一部分。该服务器处理 API 连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构见解。

API 端点

BioMCP 公开了两个主要工具：

  1. analyze-active-site：使用 PDB ID 提供有关蛋白质结合位点的详细信息
  2. search-disease-proteins：返回与指定疾病或医疗状况相关的蛋白质

快速开始

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 为 Claude Desktop 自动安装 BioMCP：

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手动安装

# 克隆仓库
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# 安装依赖
npm install

# 启动服务器
npm start

设置说明

运行 MCP Inspector

  1. 启动 BioMCP 服务器：

    npm start

  2. 在单独的终端中，全局安装 MCP Inspector（如果尚未安装）：

    npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector

  3. 启动 MCP Inspector 并连接到本地 BioMCP 服务器：

    npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js

  4. 使用 inspector 界面测试工具并查看响应。

与 Claude Desktop 一起使用

  1. 构建 BioMCP 服务器：

    npm run build

  2. 配置 Claude Desktop 以启动 MCP 服务器：

    a. 找到您的 Claude Desktop config.json 文件（通常位于您的用户目录中）

    b. 编辑 config.json 以包含 BioMCP 服务器构建路径。示例配置：

    {
  "globalShortcut": "",
  "mcpServers": {
    "bio-mcp": {
      "command": "node",
      "args": [
        "/path/to/your/build/index.js"
      ]
    }
  }
}

    c. 将 /path/to/your/build 替换为您的项目目录的实际路径。

  3. 重新启动 Claude Desktop 以使更改生效。

  4. 现在您可以向 Claude 提出利用 BioMCP 工具的问题：

    • "PDB 结构 6LU7 的活性位点中的关键残基是什么？"
    • "查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

使用示例

当与兼容的语言模型集成时，Bio-MCP 可以实现如下查询：

  • "PDB 结构 6LU7 的活性位点中的关键残基是什么？"
  • "查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

要求

  • Node.js 20.0.0 或更高版本
  • TypeScript 5.0+
  • 兼容的 MCP 客户端实现

测试

BioMCP 包括一个全面的测试套件，包含单元测试、集成测试和端到端测试。

运行测试

运行所有测试：

npm test

运行特定的测试套件：

# 仅单元测试
npm run test:unit

# 仅集成测试（API 交互）
npm run test:integration

# 仅端到端测试
npm run test:e2e

代码检查

检查代码质量：

npm run lint

自动修复代码检查问题：

npm run lint:fix

路线图

  • 扩展活性位点描述的详细程度
  • 利用 3-D 坐标
  • 用于与文献交互的工具
  • 用于与计算生物学模型交互的工具：
    • RFdiffusion
    • ProteinMPNN
    • ColabFold
    • 其他蛋白质设计和结构预测工具
  • 基于 Agent 的研究流程
  • 引入带有蛋白质可视化工具的客户端

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