BioMCP：赋能基于 Agent 的生物医学研发

概述

BioMCP 是一个模型上下文协议 (MCP) 服务器，旨在增强大型语言模型在蛋白质结构分析方面的能力。它通过与已建立的蛋白质数据库交互，提供分析蛋白质活性位点和搜索与疾病相关的蛋白质的工具。

未来的工作将集中在使 Agent 能够利用 BioMCP。

特性

• 活性位点分析：使用 PDB ID 检查蛋白质的结合位点和功能残基
• 疾病-蛋白质搜索：查找与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质结构
• 集成数据访问：与 RCSB 蛋白质数据库 (PDB) 无缝连接

技术细节

BioMCP 实现了模型上下文协议，允许语言模型访问专门的蛋白质结构知识，而无需将此信息作为其训练数据的一部分。该服务器处理 API 连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构见解。

API 端点

BioMCP 公开了两个主要工具：

1. analyze-active-site：使用 PDB ID 提供有关蛋白质结合位点的详细信息
2. search-disease-proteins：返回与指定疾病或医疗状况相关的蛋白质

快速开始

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 为 Claude Desktop 自动安装 BioMCP：

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手动安装

# 克隆仓库
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# 安装依赖
npm install

# 启动服务器
npm start

设置说明

运行 MCP Inspector

1. 启动 BioMCP 服务器：

   npm start
   

2. 在单独的终端中，全局安装 MCP Inspector（如果尚未安装）：

   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
   

3. 启动 MCP Inspector 并连接到本地 BioMCP 服务器：

   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
   

4. 使用 inspector 界面测试工具并查看响应。

与 Claude Desktop 一起使用

1. 构建 BioMCP 服务器：

   npm run build
   

2. 配置 Claude Desktop 以启动 MCP 服务器：

   a. 找到您的 Claude Desktop config.json 文件（通常位于您的用户目录中）

   b. 编辑 config.json 以包含 BioMCP 服务器构建路径。示例配置：

   {
     "globalShortcut": "",
     "mcpServers": {
       "bio-mcp": {
         "command": "node",
         "args": [
           "/path/to/your/build/index.js"
         ]
       }
     }
   }
   

   c. 将 /path/to/your/build 替换为您的项目目录的实际路径。

3. 重新启动 Claude Desktop 以使更改生效。

4. 现在您可以向 Claude 提出利用 BioMCP 工具的问题：

   • "PDB 结构 6LU7 的活性位点中的关键残基是什么？"
   • "查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

使用示例

当与兼容的语言模型集成时，Bio-MCP 可以实现如下查询：

• "PDB 结构 6LU7 的活性位点中的关键残基是什么？"
• "查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

要求

• Node.js 20.0.0 或更高版本
• TypeScript 5.0+
• 兼容的 MCP 客户端实现

测试

BioMCP 包括一个全面的测试套件，包含单元测试、集成测试和端到端测试。

运行测试

运行所有测试：

npm test

运行特定的测试套件：

# 仅单元测试
npm run test:unit

# 仅集成测试（API 交互）
npm run test:integration

# 仅端到端测试
npm run test:e2e

代码检查

检查代码质量：

npm run lint

自动修复代码检查问题：

npm run lint:fix

路线图

• 扩展活性位点描述的详细程度
• 利用 3-D 坐标
• 用于与文献交互的工具
• 用于与计算生物学模型交互的工具：
  • RFdiffusion
  • ProteinMPNN
  • ColabFold
  • 其他蛋白质设计和结构预测工具
• 基于 Agent 的研究流程
• 引入带有蛋白质可视化工具的客户端