bioRxiv MCP 服务器

🔍 使 AI 助手能够通过简单的 MCP 接口搜索和访问 bioRxiv 论文。

bioRxiv MCP 服务器通过模型上下文协议 (MCP) 在 AI 助手和 bioRxiv 的预印本存储库之间提供桥梁。它允许 AI 模型以编程方式搜索生物学预印本并访问其元数据。

🤝 贡献 • 📝 报告 Bug

✨ 核心功能

• 🔎 论文搜索：使用关键词或高级搜索查询 bioRxiv 论文 ✅
• 🚀 高效检索：快速访问论文元数据 ✅
• 📊 元数据访问：检索特定论文的详细元数据 ✅
• 📊 研究支持：促进生物科学研究和分析 ✅
• 📄 论文访问：下载和阅读论文内容 📝
• 📋 论文列表：查看所有已下载的论文 📝
• 🗃️ 本地存储：论文保存在本地以加快访问速度 📝
• 📝 研究提示：一组用于论文分析的专用提示 📝

🚀 快速开始

前提条件

• Python 3.10+
• FastMCP 库

安装

1. 克隆存储库：

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server
   

2. 安装所需的依赖项：

   pip install -r requirements.txt
   

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 为 Claude Desktop 自动安装 bioRxiv 服务器：

claude

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

将以下内容粘贴到 Settings → Cursor Settings → MCP → Add new server：

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}"

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

与 Claude Desktop 一起使用

将此配置添加到您的 claude_desktop_config.json：

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

(Windows 版本):

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

与 Cline 一起使用

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 用法

启动 MCP 服务器：

python biorxiv_server.py

🛠 MCP 工具

bioRxiv MCP 服务器提供以下工具：

1. search_biorxiv_key_words: 使用关键词在 bioRxiv 上搜索文章。
2. search_biorxiv_advanced: 使用多个参数在 bioRxiv 上执行高级文章搜索。
3. get_biorxiv_metadata: 使用 DOI 获取 bioRxiv 文章的元数据。

搜索论文

您可以要求 AI 助手使用如下查询搜索论文：

你能帮我在 bioRxiv 上搜索最近关于基因组学的论文吗？

获取论文详情

获得 DOI 后，您可以要求提供更多详细信息：

你能给我展示 DOI 为 10.1101/123456 的论文的元数据吗？

📁 项目结构

• biorxiv_server.py: 使用 FastMCP 的主要 MCP 服务器实现
• biorxiv_web_search.py: 包含用于搜索 bioRxiv 的网络抓取逻辑

🔧 依赖项

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging

🤝 贡献

欢迎贡献！请随时提交 Pull Request。

📄 许可证

本项目根据 MIT 许可证获得许可。

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请尊重 bioRxiv 的服务条款并负责任地使用此工具。