🧬 MCP PRIDE Archive Search Server
一个模型上下文协议服务器,它使人工智能模型能够通过结构化的函数调用,以编程方式搜索和交互 PRIDE Archive 存储库中的蛋白质组学数据集。
PRIDE-Archive
README
🧬 MCP PRIDE 归档搜索服务器
本项目实现了一个 模型上下文协议 (MCP) 兼容的 API 服务器,该服务器公开了用于搜索 PRIDE 归档(一个主要的蛋白质组学数据存储库)的工具。它允许 AI 模型(例如 Claude 或其他 MCP 兼容的 LLM)使用结构化的函数调用以编程方式与蛋白质组学数据集进行交互。
🚀 功能
- ✅ 由
FastMCP
驱动的 MCP 服务器 - 🔍 PRIDE 归档搜索工具,可通过关键字、提交日期、受欢迎程度等查询数据集。
- 🤖 适用于生物医学和蛋白质组学相关研究的 AI 友好工具
- ⚡ 支持
http
(SSE) 和stdio
连接模式 - 🛠️ 易于扩展,可添加其他工具
📦 安装
克隆存储库并安装依赖项:
git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install # 或 pip install -r requirements.txt
👨💻 用法
使用您首选的连接类型(http 或 stdio)启动 MCP 服务器:
python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999
命令行参数
参数 | 描述 | 默认值 |
---|---|---|
--connection_type | 连接类型:http 或 stdio | http |
--port | 运行服务器的端口(HTTP 模式) | 9999 |
🔧 工具 API
search_archive_tool(...)
从 PRIDE 归档数据库获取蛋白质组学数据集。
使用场景:
- 搜索蛋白质组学研究数据
- 质谱数据集查询
- 生物医学数据集探索(例如,与癌症相关)
- 查找热门或特定的蛋白质组学项目
🤝 与 LLM 集成
此服务器可与任何支持模型上下文协议的 LLM 配合使用,包括:
- Anthropic Claude
- Google Gemini
- 开源 MCP 客户端
- 自定义 RAG 管道
🧠 架构概述
+---------------------+ 工具调用 +-----------------------------+
| Claude / Gemini AI | <--------------------> | MCP PRIDE API 服务器 |
+---------------------+ | - search_archive_tool() |
| - server_status() |
+-----------------------------+
|
v
+---------------------------+
| PRIDE 归档 REST API |
| (https://www.ebi.ac.uk |
| /pride/ws/archive/ |
| v3/search/projects) |
+---------------------------+
📝 许可证
MIT 许可证。 有关详细信息,请参见 LICENSE。
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