🧬 MCP PRIDE Archive Search Server

🧬 MCP PRIDE Archive Search Server

一个模型上下文协议服务器,它使人工智能模型能够通过结构化的函数调用,以编程方式搜索和交互 PRIDE Archive 存储库中的蛋白质组学数据集。

PRIDE-Archive

研究与数据
访问服务器

README

🧬 MCP PRIDE 归档搜索服务器

本项目实现了一个 模型上下文协议 (MCP) 兼容的 API 服务器,该服务器公开了用于搜索 PRIDE 归档(一个主要的蛋白质组学数据存储库)的工具。它允许 AI 模型(例如 Claude 或其他 MCP 兼容的 LLM)使用结构化的函数调用以编程方式与蛋白质组学数据集进行交互。


🚀 功能

  • ✅ 由 FastMCP 驱动的 MCP 服务器
  • 🔍 PRIDE 归档搜索工具,可通过关键字、提交日期、受欢迎程度等查询数据集。
  • 🤖 适用于生物医学和蛋白质组学相关研究的 AI 友好工具
  • ⚡ 支持 http (SSE) 和 stdio 连接模式
  • 🛠️ 易于扩展,可添加其他工具

📦 安装

克隆存储库并安装依赖项:

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # 或 pip install -r requirements.txt

👨‍💻 用法

使用您首选的连接类型(http 或 stdio)启动 MCP 服务器:

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

命令行参数

参数 描述 默认值
--connection_type 连接类型:http 或 stdio http
--port 运行服务器的端口(HTTP 模式) 9999

🔧 工具 API

search_archive_tool(...)

从 PRIDE 归档数据库获取蛋白质组学数据集。

使用场景:

  • 搜索蛋白质组学研究数据
  • 质谱数据集查询
  • 生物医学数据集探索(例如,与癌症相关)
  • 查找热门或特定的蛋白质组学项目

🤝 与 LLM 集成

此服务器可与任何支持模型上下文协议的 LLM 配合使用,包括:

  • Anthropic Claude
  • Google Gemini
  • 开源 MCP 客户端
  • 自定义 RAG 管道

🧠 架构概述

+---------------------+       工具调用        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API 服务器        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE 归档 REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+

📝 许可证

MIT 许可证。 有关详细信息,请参见 LICENSE。

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