MedixHub 模型上下文协议 (MCP) 服务器

一个集成了通过 MedixHub 访问医疗和健康 API 的模型上下文协议 (MCP) 服务器。

特性

• 纯 JavaScript 实现
• 通过标准化的 MCP 元数据暴露函数
• 执行带有参数验证的函数
• 与 Ollama 等 LLM 无缝集成
• 具有身份验证的安全 API 端点
• 支持流式响应

已实现的函数

服务器包含以下函数的 JavaScript 实现：

1. executeOpenTargetQuery - 执行针对 OpenTarget API 的 GraphQL 查询
2. FDADrugLabelSearch - 从 FDA 数据库检索药品信息
3. get_drug_generic_name - 在通用药品名和品牌药品名之间进行映射
4. MonarchSearch - 在 Monarch 数据库中搜索基因、疾病或表型
5. MonarchDiseasesForMultiplePhenotypes - 查找与多个表型匹配的疾病

OpenTarget 函数

• 疾病信息查找
• 药品详细信息和关联
• 靶标（基因/蛋白质）信息
• 疾病-靶标关联
• 药品-疾病关系

FDA 药品标签函数

• 药品信息搜索
• 通用名和品牌名映射
• 不良反应查找
• 药品相互作用搜索

Monarch 数据库函数

• 生物医学实体搜索
• 疾病-表型关联
• 基因-表型关系
• 多表型疾病查找器

入门

前提条件

• Node.js 14 或更高版本
• npm 或 yarn

安装

1. 克隆存储库

git clone https://github.com/yourusername/medixhub-mcp-server.git
cd medixhub-mcp-server

2. 安装依赖项

npm install

3. 配置环境变量

cp .env.example .env
# 使用您的设置编辑 .env

4. 启动服务器

npm start

对于具有自动重载的开发：

npm run dev

用法

执行 API

使用 /execute 端点来运行任何已注册的 MedixHub 函数：

POST /execute
Content-Type: application/json

{
  "name": "queryFDADrugLabel",
  "parameters": {
    "searchFields": {
      "drug_name": ["openfda.brand_name", "openfda.generic_name"]
    },
    "returnFields": ["openfda.generic_name", "warnings"],
    "arguments": {
      "drug_name": "ibuprofen",
      "limit": 1
    }
  }
}

直接 MedixHub API

使用 /medixhub 端点进行直接 API 访问：

• /medixhub/opentargets
• /medixhub/opentargets-genetics
• /medixhub/drug-by-name
• /medixhub/fda-drug-label
• /medixhub/drug-generic-name
• /medixhub/monarch
• /medixhub/diseases-for-phenotypes

函数元数据

获取有关可用函数的信息：

• /functions - 所有可用函数
• /functions/medixhub - MedixHub 特定的函数
• /functions/category/:category - 按类别划分的函数

API 文档

完整的 API 文档可在 /functions/medixhub 找到

开发

项目结构

medixhub-mcp-server/
├── server.js                   # 主服务器文件
├── src/
│   ├── medixhub/               # MedixHub 集成
│   ├── middleware/             # 中间件
│   ├── routes/                 # 路由处理程序
│   └── services/               # 服务
├── examples/                   # 用法示例
└── tests/                      # 测试套件

添加新函数

要向注册表添加新函数：

const { registerFunction } = require('./src/services/functionRegistry');

registerFunction('myNewFunction', {
  name: 'myNewFunction',
  description: 'Description of what this function does',
  parameters: {
    // Parameter schema
  },
  function: async (params) => {
    // Implementation
    return result;
  }
});

运行测试

npm test

身份验证

服务器支持两种身份验证方法：

1. API 密钥：简单的基于密钥的身份验证
2. JWT 令牌：更精细的访问控制

在生产模式下，除了函数发现之外，所有端点都需要身份验证。

环境变量

通过以下环境变量配置服务器：

• PORT：服务器端口（默认：3000）
• NODE_ENV：环境（'development' 或 'production'）
• OLLAMA_API_URL：Ollama API 的 URL
• API_KEYS：以逗号分隔的有效 API 密钥列表
• FDA_API_KEY：FDA 药品数据库的 API 密钥

有关所有可用选项，请参见 .env.example。

性能考虑

• 服务器对所有 API 调用使用异步处理
• 启用速率限制以防止滥用
• 超时处理可防止挂起的请求
• 通过高效处理流来优化内存使用

许可证

该项目已获得 MIT 许可证的许可 - 有关详细信息，请参见 LICENSE 文件。