PubMed MCP 服务器

本仓库包含一个 MCP 服务器，它使用 BioPython 的 Entrez 模块搜索 PubMed 的文章摘要。它利用 FastMCP 框架为 PubMed 提供异步搜索功能。

功能

• 搜索 PubMed: 根据搜索词查询文章。
• 检索摘要: 获取从 PubMed 返回的文章的摘要。
• 异步操作: 使用异步执行（通过 asyncio.to_thread）以避免阻塞服务器。

前提条件

• Python 3.8 或更高版本
• mcp[cli]
• BioPython

设置

1. 克隆仓库:

   git clone PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. 安装依赖:

   您可以使用 uv 安装所需的软件包：

   uv add -r requirements.txt
   

3. 配置 Entrez 邮箱:

   确保您已在代码（在 main.py 中）设置了有效的电子邮件地址：

   Entrez.email = "give an email address"
   

运行服务器

通过运行以下命令启动 PubMed MCP 服务器：

uv run main.py

此命令使用 uv 命令行工具（如您的配置中所指定）启动服务器。

配置 MCP 客户端

要配置您的 MCP 客户端以连接到 PubMed MCP 服务器，请创建或更新您的 config.json 文件，如下所示：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/codingaslu/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/codingaslu/OneDrive/Desktop/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

配置说明

• command: 用于运行 MCP 服务器的命令行工具的完整路径（在本例中为 uv）。

• args:

  • --directory: 指定服务器所在的的工作目录。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server": 服务器根目录的路径。
  • "run" 和 "main.py": 启动 PubMed MCP 服务器的命令和入口点。

用法

服务器运行且您的 MCP 客户端配置完成后，您可以使用提供的工具：

• 工具: search_pubmed
• 参数:
  • query: PubMed 的搜索词（默认为 "endocarditis"）。
  • max_results: 要检索的最大文章数（默认为 10）。

用法示例:

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

这将返回一个字符串，其中包含以换行符分隔的文章摘要。

许可证

本项目根据 MIT 许可证 获得许可。

您可以根据您的具体设置调整路径和详细信息。