MCP 服务器

Scanpy MCP server

Scanpy 的 MCP 服务器

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Scanpy MCP 服务器

一个用于单细胞RNA测序分析软件 Scanpy 的 MCP 服务器，支持自然语言！

🪩 它能做什么？

IO 模块：使用自然语言读取和写入单细胞RNA测序数据
预处理模块：例如过滤、质量控制、标准化、缩放、高变基因、PCA、近邻等。
工具模块：例如聚类、差异表达等。
绘图模块：例如小提琴图、热图、点图。

❓ 适用于谁？

任何想用自然语言进行单细胞RNA测序分析的人！
想要为他们的应用程序调用 scanpy 函数的 Agent 开发者

🌐 在哪里使用它？

您可以在大多数支持 MCP 的 AI 客户端、插件或 Agent 框架中使用 scanpy-mcp：

AI 客户端，例如 Cherry Studio
插件，例如 Cline
Agent 框架，例如 Agno

🎬 演示

一个演示，展示了在 AI 客户端 Cherry Studio 中使用基于 scanpy-mcp 的自然语言进行单细胞RNA测序细胞簇分析

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ 快速开始

安装

从 PyPI 安装

pip install scanpy-mcp

您可以通过运行以下命令进行测试

scmcp run

在本地运行 scnapy-server

请参考您的 MCP 客户端中的以下配置：

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

远程运行 scnapy-server

请参考您的 MCP 客户端中的以下配置：

在您的服务器上运行

scmcp run --transport sse --port 8000

然后配置您的 MCP 客户端，如下所示：

http://localhost:8000/sse

🤝 贡献

如果您有任何问题，欢迎提交 issue，或联系我(hsh-me@outlook.com)。也欢迎对代码进行贡献！

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