UniProt MCP 服务器

一个模型上下文协议 (MCP) 服务器，用于提供对 UniProt 蛋白质信息的访问。此服务器允许 AI 助手直接从 UniProt 获取蛋白质功能和序列信息。

功能

• 通过 UniProt 登录号获取蛋白质信息
• 批量检索多个蛋白质
• 缓存以提高性能（24 小时 TTL）
• 错误处理和日志记录
• 信息包括：
  • 蛋白质名称
  • 功能描述
  • 完整序列
  • 序列长度
  • 生物

快速开始

1. 确保您已安装 Python 3.10 或更高版本
2. 克隆此存储库：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安装依赖项：

   # 使用 uv (推荐)
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或者使用 pip
   pip install -r requirements.txt
   

配置

添加到您的 Claude Desktop 配置文件：

• Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

使用示例

在 Claude Desktop 中配置服务器后，您可以提出如下问题：

你能获取 UniProt 登录号为 P98160 的蛋白质信息吗？

对于批量查询：

你能获取并比较 P04637 和 P02747 的蛋白质信息吗？

API 参考

工具

1. get_protein_info

   • 获取单个蛋白质的信息
   • 必需参数：accession (UniProt 登录号)
   • 示例响应：

     {
       "accession": "P12345",
       "protein_name": "Example protein",
       "function": ["Description of protein function"],
       "sequence": "MLTVX...",
       "length": 123,
       "organism": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_batch_protein_info

   • 获取多个蛋白质的信息
   • 必需参数：accessions (UniProt 登录号数组)
   • 返回蛋白质信息对象数组

开发

设置开发环境

1. 克隆存储库
2. 创建一个虚拟环境：

   python -m venv .venv
   source .venv/bin/activate  # 在 Windows 上: .venv\Scripts\activate
   

3. 安装开发依赖项：

   pip install -e ".[dev]"
   

运行测试

pytest

代码风格

本项目使用：

• Black 进行代码格式化
• isort 进行导入排序
• flake8 进行代码检查
• mypy 进行类型检查
• bandit 进行安全检查
• safety 进行依赖项漏洞检查

运行所有检查：

black .
isort .
flake8 .
mypy .
bandit -r src/
safety check

技术细节

• 使用 MCP Python SDK 构建
• 使用 httpx 进行异步 HTTP 请求
• 使用基于 OrderedDict 的缓存实现具有 24 小时 TTL 的缓存
• 处理速率限制和重试
• 提供详细的错误消息

错误处理

服务器处理各种错误情况：

• 无效的登录号（404 响应）
• API 连接问题（网络错误）
• 速率限制（429 响应）
• 格式错误的响应（JSON 解析错误）
• 缓存管理（TTL 和大小限制）

贡献

我们欢迎贡献！请随时提交 Pull Request。以下是如何贡献：

1. Fork 存储库
2. 创建您的功能分支 (git checkout -b feature/amazing-feature)
3. 提交您的更改 (git commit -m 'Add some amazing feature')
4. 推送到分支 (git push origin feature/amazing-feature)
5. 打开一个 Pull Request

请确保根据需要更新测试并遵守现有的编码风格。

许可证

本项目根据 MIT 许可证获得许可 - 有关详细信息，请参阅 LICENSE 文件。

致谢

• UniProt 提供蛋白质数据 API
• Anthropic 提供模型上下文协议规范
• 帮助改进此项目的贡献者